Os cientistas transformaram o conto complexo do aglomerado de Covid-19 de agosto em Auckland em uma fascinante interação , juntando seus casos com dados genômicos. O repórter científico Jamie Morton conversou com o Dr. James Hadfield , um filogeneticista baseado em Wanaka do Bedford Lab de Seattle, sobre o que aprendemos - e as três prováveis ​​explicações para o surto de mistério.

O sequenciamento genômico ajuda cientistas e funcionários da saúde pública a identificar linhagens de cada caso positivo e conectá-los a outros casos locais, junto com o que está circulando em outros países. Como o perfil genômico do aglomerado de Auckland em agosto difere dos aglomerados anteriores da Nova Zelândia?

Revisitando nossa primeira série de surtos, entre fevereiro e junho, sabemos que houve mais de 250 introduções separadas de Sars-CoV-2 na Aotearoa Nova Zelândia, que representou "quase toda a diversidade genômica presente na população viral global".

O cluster Auckland August pertence a uma linhagem que está em vários continentes ao redor do mundo. Nós vimos essa linhagem apenas uma vez antes na Nova Zelândia, em um par de casos em meados de abril que estavam em isolamento controlado em Auckland.

Dado o momento, os dados epidemiológicos e a prevalência mundial da linhagem, acreditamos ser altamente provável que o aglomerado de agosto de Auckland seja uma nova importação do exterior.

Como podemos saber que o surto recente de Auckland veio de uma única fonte viral?

O sequenciamento dos genomas de muitos casos diferentes do surto mostra que todos eles estão agrupados, sem nenhum isolado mundial envolvido.

Isso é o que esperaríamos de um cluster que se espalhou pela Nova Zelândia e se originou de uma única fonte viral. A exceção foi o caso do hotel Rydges.

Você pode me falar sobre Nextstrain - a plataforma global para a qual você está contribuindo - e a narrativa interativa que você criou aqui? O que isso nos mostra?

O Nextstrain existe há cerca de quatro anos e é um projeto acadêmico que usa o sequenciamento do genoma de patógenos como o Covid-19 para produzir análises rápidas

O objetivo é que esses resultados sejam "acionáveis" - ou que sejam úteis para informar as respostas de saúde pública.

Divulgamos os resultados gratuitamente através do nextstrain.org para que todos possam interagir.

Compreender essas análises pode ser complicado sem um conhecimento de filogenética, então venho explorando maneiras de comunicarmos melhor os insights que a genômica nos dá.

As narrativas permitem que os cientistas escrevam relatórios em que cada seção do texto é mostrada ao lado de uma visualização específica dos dados.

Em outras palavras, o cientista pode guiar o visualizador pelos dados e transmitir as percepções que eles obtêm deles.


Escrevemos esta narrativa particular para os Kiwis lerem, com o objetivo de comunicar melhor os dados e o que eles nos dizem - e não fazem - sobre a situação atual.

Espero que as pessoas achem este meio acessível.

A análise genômica sugere três fontes possíveis para o surto: uma incursão na fronteira do exterior, ou seja, do Reino Unido ou Equador; transmissão não detectada na comunidade; e o vírus que chega por meio de mercadorias estrangeiras. Você pode explicar cada um deles - e qual pode ser o mais provável?

A primeira, e mais provável, hipótese é uma incursão na fronteira do exterior - que uma chegada internacional trouxe de volta o vírus e posteriormente o transmitiu à comunidade.

Encontrar um caso recente de isolamento e quarentena gerenciados (MIQ) ou em outro lugar na fronteira que correspondesse a essa linhagem de cluster seria uma forte evidência para o cenário de incursão na fronteira.



Não temos nenhuma evidência direta - mas isso não significa que não tenha acontecido.

Embora tenhamos tentado sequenciar todos os casos positivos identificados na fronteira, cerca de 40 por cento contêm pouco ou muito material genético (RNA) degradado para obter uma sequência completa do genoma.

Além disso, o teste de esfregaço para Covid-19 é conhecido por perder uma proporção de casos, portanto, até mesmo o regime de teste MIQ, com testes nos dias três e 12, deverá perder cerca de 4 por cento dos casos verdadeiro-positivos.

Devido à semelhança genética entre o genoma do Auckland Cluster e outros ao redor do mundo, é difícil usar essas amostras internacionais para localizar fontes geográficas específicas com alguma certeza.

Por exemplo, as amostras mais próximas que temos são do Equador, mas não houve retornados do Equador para a Nova Zelândia desde o início de junho até o final de julho - quando o primeiro caso de cluster em Auckland desenvolveu sintomas - então esse é improvável que seja o caminho.

A segunda hipótese é que a fonte foi um caso de transmissão não detectada na comunidade de nossos surtos anteriores.

Um isolado da Nova Zelândia é geneticamente semelhante ao atual cluster de Auckland, que veio de um caso que estava infectado antes da chegada à Nova Zelândia e foi imediatamente colocado em quarentena em Auckland em abril.

Dadas as mutações entre o caso de abril e o cluster de agosto, e o período de tempo envolvido, nossa análise estima que haja menos de 1 por cento de chance de que este caso tenha sido a fonte do surto.

Testes extensivos e rastreamento de contato determinaram que o caso mais antigo encontrado até o momento foi um funcionário de um coolstore da Americold que apresentou os primeiros sintomas em 31 de julho, e a disseminação inicial do cluster centrou-se em torno deste coolstore, que importa produtos congelados.

Assim, a terceira hipótese é que o vírus pode ter sido importado em material de embalagem, onde poderia ter sobrevivido em condições de baixa temperatura, e depois infectado um trabalhador do coolstore.

Essa hipótese ganha ainda mais crédito pela possível ligação genômica com o Equador, uma vez que partículas virais foram encontradas na China em embalagens de camarão congelado do Equador.

No entanto, nenhuma remessa do Equador foi recebida pelo coolstore em questão.

Nossa análise mostra que a taxa de mutação estimada no galho que leva ao cluster não é muito menor do que em qualquer outra parte da árvore, dando pouco peso à possibilidade de que o vírus tenha ficado dormente no material de embalagem por um longo período de tempo.

Os testes ambientais da instalação do coolstore em 15 de agosto encontraram uma amostra positiva fraca na embalagem, que foi considerada consistente com contaminação.

Confirmar ou excluir a transmissão de fômites é muito difícil de provar em ambientes não laboratoriais ou não controlados, mas até agora parece que a transmissão de fômites não é muito comum.

A narrativa apresenta tudo isso com mais detalhes, juntamente com visualizações interativas dos dados.

É justo presumir que nunca saberemos exatamente qual foi essa fonte?

É bem possível que nunca saberemos - cada situação é diferente.

Vimos exemplos desde então - o caso Rydges e os recentes "casos de repatriados em Christchurch" - em que os dados foram mais conclusivos na identificação da fonte.

Aquele caso do Rydges Hotel realmente se revelou um caso estranho. O que isso nos diz sobre o valor do sequenciamento rápido do genoma - e também que pop-ups aleatórios como esse podem acontecer?

Dois dias depois do resultado do teste positivo, os dados de sequenciamento mostraram que o caso não fazia parte do aglomerado mais amplo de Auckland, mas sim que era muito semelhante a um repatriado que havia permanecido no Rydges antes do teste ser positivo.



Isso impediu que os rastreadores de contato gastassem um tempo valioso em busca de um vínculo - inexistente - entre este caso e o cluster de Auckland em andamento.

A análise também aponta que nossa compreensão da imagem genômica pode mudar. Por que é isso?

O rastreamento de surtos como esses depende da comparação dos genomas do aglomerado de Auckland com tudo o mais disponível.

Se conseguirmos obter mais genomas - por exemplo, de casos de MIQ de julho, que não fomos capazes de sequenciar até agora - então esses dados podem nos dar mais confiança em uma das hipóteses que apresentamos aqui.

Uma ideia central por trás do nextstrain é que, à medida que obtemos mais dados, podemos continuar a atualizar a análise e nossas descobertas.

Via NZHerald 

Deixe seu Comentário